В 1986 году открылся музей боевой и трудовой славы Пестречинского района. Его основателем стал историк-краевед, создатель первого школьного музея в Пестрецах в 1960-е годы учитель Петр Яковлевич Козлов.
В 80-е годы все сохранившиеся предметы – музейные экспонаты были переведены в библиотеку РК КПСС. В 1986 году для музея выделено здание и начался сбор экспонатов. Первой заведующей вновь открытого музея была избрана Анна Лаврентьевна Ларина- бывший педагог Пестречинской средней школы.
С мая 1988 года музей начал работать как Районный краеведческий музей. Он разместился в старинном здании, построенном в начале ХХ века. С 1992 года здание Пестречинского краеведческого музея является памятником архитектуры республиканского значения.
В этом же году музей на правах филиала вошел в музейное объединение и стал называться « Пестречинский краеведческий музей- филиал Государственного объединенного музея РТ». Его возглавила Ушанова Воля Федоровна. С 1997 года музей возглавляет Корябина Елена Федоровна. В 2010 году музей становится юридическим лицом и с этого времени носит название Муниципальное бюджетное учреждение «Краеведческий музей Пестречинского муниципального района».
На 1 января 2015 года объем фондов составляет: ОФ- 11719 предметов, НВФ- 2256 предметов.